上古

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新石器時代孔雀河流域就有人類活動，市境大部曾屬西域36國之一的渠犁國。古絲綢之路也從這裡經過[2]。古渠犁國在且末國西北，精絕（今民豐縣）之北，尉犂國（今塔什店鎮至博斯騰湖以南一帶）西南，山國（今尉犁縣鐵干里克鎮東北）以西，烏壘（今輪台縣策大雅）東南，其範圍相當於今庫爾勒市境及尉犁縣西北、輪台縣東南一部分。居民主要是使用吐火羅語的高加索人種，信奉祆教。

前176年，匈奴冒頓單于由蒙古高原入侵西域，各小國紛紛臣服，匈奴右日逐王在焉耆、危須、尉犁三國之間設置僮僕都尉，管理西域屬國（僮僕）的貢賦，渠犁受僮僕都尉控制。

前101年，西漢進軍西域，在渠犁設使者校尉，往西域屯田。前60年，匈奴日逐王先賢撣投奔西漢，帶來了西域的宗主權，西漢政府便在烏壘（今輪台縣策大雅南）設立西域都護府，任命鄭吉為首位都護，在河曲（今孔雀河的轉彎處）建造埒婁城，歸降漢朝的匈奴日逐王部眾也被安置在河曲。

16年，西域都護李崇被匈奴擊敗，撤退到龜茲（今庫車），埒婁城被匈奴攻下。46年，莎車王賢攻打龜茲，埒婁城被莎車奪走，屬於莎車國烏壘州。數年之後，龜茲殺烏壘王，取得烏壘國土地。74年，東漢派遣西域都護陳睦，重回埒婁城，但隔年埒婁城就被焉耆攻佔。

91年，東漢在樓蘭設立西域長史府總部。94年，班超利用龜茲、鄯善等八國兵征伐焉耆、危須、尉犁，斬焉耆王廣、尉犁王於埒婁城，東漢重新在西域站穩腳跟。127年，班超之子西域長史班勇與敦煌太守張朗分南北道攻打焉耆國，張朗由爵離城（即埒婁城）先至爵離關（今鐵門關），攻打焉耆王元孟，最後焉耆投降。448年（北魏太平真君九年），北魏成周公萬度歸討伐焉耆，在當地設置軍事機構焉耆鎮，並在庫爾勒建立柳驢城。

中古

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七世紀起，焉耆王龍突騎支開始與唐（桃花石）交好。630年（貞觀四年），玄奘取經經過庫爾勒。648年，唐朝軍隊進攻龜茲，在西域設安西四鎮，庫爾勒屬焉耆都督府。670年（咸亨元年），吐蕃攻陷安西四鎮，五年後被唐軍奪回。682年，吐蕃再次攻陷安西四鎮。三年後再次被唐軍奪回。687年，吐蕃第三次攻陷安西四鎮，五年後被王孝傑率領唐軍第三次奪回。此後歷經一段平和歲月，直到751年，唐在怛羅斯戰役大敗，元氣大傷。789年，吐蕃徹底奪下安西四鎮。

西元840年，回鶻受黠戛斯所迫，由懷建可汗厖特勒率領西遷，從吐蕃手中奪取焉耆各地。856年，懷建可汗西遷到焉耆，稱為「亦都護」（Idiqut，幸福之主），有20萬民眾。860年，懷建可汗被異母弟庫爾特勤擊敗處死，安西回鶻的重心移到北庭、吐魯番一帶。833年，吐蕃末代贊普朗達瑪被刺殺。866年，西州回鶻首領仆固俊打敗吐蕃首領尚鞏熱，吐蕃勢力退出西域。此後兩百年間，受到喀喇汗國的影響，西域開始突厥化與伊斯蘭化。

1122年，西州回鶻降服於西遼（喀喇契丹）[4]。西遼大多採取宗教寬容政策，直到1211年，乃蠻屈出律篡奪西遼帝位，穆斯林與基督徒被強迫改宗佛教，遭到宗教迫害[5]。1218年，成吉思汗派哲別率軍攻打西遼，哲別進入喀什噶爾後宣布宗教自由，西遼屈出律政府慘遭喀什噶爾人民報復，被蒙古消滅。此後巴音郭勒為察合台汗國及東察合台汗國封地，察合台後裔敗亡之後，成為南遷的瓦剌（衛拉特）蒙古游牧區。

近現代

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1677年，白山派引噶爾丹進兵回疆，擊敗黑山派，開始準噶爾汗國的統治。1759年（乾隆二十四年），清擊敗準噶爾，平定大小和卓之亂以後，將焉耆定名為喀喇沙爾，派駐辦事大臣一員。1759年（清乾隆二十四年），清於庫爾勒設三品阿奇木伯克一員，管理庫爾勒莊，並設守備駐軍。

1867年（同治六年），浩罕汗國支持哲德沙爾汗國（Yettishar）奪取庫爾勒。1877年（清光緒三年十月），清軍收復庫爾勒。維吾爾史家穆薩·賽拉米（Musa Sayrami）記載，1877年5月30日，哲德沙爾汗阿古柏（Yaqub Beg）在庫爾勒被葉爾羌哈基姆Niyaz Hakim Beg毒死[6]，但其他說法表示阿古柏是自殺或戰死的[6][7]。

1887 年，榮赫鵬（Francis Younghusband）在從北京到印度的壯遊中途經「庫爾利亞」（Korlia）。他形容庫爾勒城繁榮昌盛，周圍鄉村農作良好，耕地面積很多。玉米似乎是主要作物，但也種植水稻。有一個漢人小城，大約400碼（370m）見方，泥牆高約35英尺（11m），還有一條護城河。角上有圓形堡壘，但城門沒有。以南一英里是突厥城，但城牆已成廢墟，城內有一條長約 700碼（640m）的大街。「商店比喀喇沙爾（焉耆）好一些，但不如吐魯番好。」[8]

1899年（清光緒二十五年），喀喇沙爾直隸廳升為焉耆府。庫爾勒為焉耆府治地。

1917年，（民國六年），設庫爾勒縣佐，屬焉耆縣。

1920年，（民國九年）7月11日，設焉耆道，轄庫爾勒縣佐。

1930年，（民國十九年），焉耆道改為焉耆行政長官公署，同年庫爾勒縣佐改為設治局，屬焉耆行政長官公署。

1939年，（民國二十八年），庫爾勒設治局升格為縣，屬焉耆行政督察專員公署。

1950年4月12日，焉耆專員公署成立，庫爾勒縣為焉耆專署轄治。

1954年6月，撤銷焉耆專員公署，分別設置巴音郭楞蒙古自治區（轄焉耆回族自治縣、和靖縣、和碩縣，州府駐焉耆）和庫爾勒專署（轄庫爾勒縣、輪台縣、尉犁縣、婼羌縣、且末縣）。庫爾勒縣為庫爾勒專署轄治。

1960年12月1日，庫爾勒專署併入巴音郭楞蒙古自治州，州府由焉耆縣南遷庫爾勒縣城。

1979年6月23日，劃出庫爾勒縣的庫爾勒鎮、新城、團結3個辦事處和鐵克其、英下、恰爾巴格3個公社，以及原屬焉耆縣的塔什店辦事處，成立庫爾勒市。同年9月30日，庫爾勒市正式成立，由巴音郭楞蒙古自治州領導。

1983年8月19日，撤銷庫爾勒縣，縣所轄區域併入庫爾勒市。

1984年4月10日，庫爾勒縣正式併入庫爾勒市，仍隸屬巴音郭楞蒙古自治州。

2009年7月20日，尉犁縣西尼爾鎮調整建制劃歸庫爾勒市管轄。

2012年，境內中部設新疆生產建設兵團第二師的鐵門關市。